मुख्यमंत्री पिनरई विजयन ने अखिल भारतीय सेवा नियमों का उल्लंघन करने और चक्रवाती तूफान ओखी से निपटने के उनके तरीकों के आधार पर थॉमस को निलंबित कर दिया. अधिकारी पर आरोप है कि उसने राज्य में कानून-व्यवस्था भंग होने के संबध में चर्चा की थी.

जिस दिन विजयन राज्य के मुख्यमंत्री बने थे, उसी दिन थॉमस राज्य में सतर्कता निदेशक बने थे.

दोनों के बीच हालांकि इस वर्ष की शुरुआत से संबंध खराब होने लगे थे. थॉमस को छुट्टी पर जाने के लिए कहा गया था. कुछ माह बाद उन्हें सरकार द्वारा संचालित एक प्रबंधक संस्थान के प्रमुख के तौर पर काम करने के लिए कहा गया था.

थॉमस ने कहा कि उन्हें अभी निलंबन आदेश नहीं मिला है.