हालांकि, न्यायमूर्ति बी.आर. गवई की अध्यक्षता वाली एक पीठ ने हाई कोर्ट के फैसले में राज्य सरकार और राज्य पुलिस के खिलाफ की गई प्रतिकूल टिप्पणियों को हटा दिया।

पीठ ने कहा, "अतिरिक्त सॉलिसिटर जनरल (एएसजी) एस.वी. राजू ने कहा कि प्रतिवादी (केंद्रीय एजेंसी) को उन टिप्पणियों को रखने में कोई दिलचस्पी नहीं है। उनका कहना है कि यदि उन टिप्पणियों को हटा दिया जाता है, तो उन्हें कोई आपत्ति नहीं है। इसलिए हम याचिका पर विचार करने के इच्छुक नहीं हैं। पुलिस और राज्य सरकार के संबंध में विवादित टिप्पणियों को हटा दिया जाएगा।"

5 मार्च को एक आदेश में, कलकत्ता हाई कोर्ट ने एक स्वतंत्र सीबीआई जांच का आदेश दिया था और पश्चिम बंगाल पुलिस को हमले के मास्टरमाइंड आरोपी शेख शाहजहां को उसी दिन सीआईडी की हिरासत से सीबीआई को सौंपने का निर्देश दिया था।

इसके खिलाफ, राज्य सरकार ने शीर्ष अदालत में एक याचिका लगाई और कहा कि सीबीआई को जांच ट्रांसफर करने का कलकत्ता हाई कोर्ट का आदेश जल्दबाजी में दिया गया।