फैयाज अहमद लोन को दिल्ली पुलिस को काफी समय से तलाश थी। पुलिस ने उसकी गिरफ्तारी के लिए दो लाख रुपए का इनाम भी घोषित किया था। साल  2014 में कोर्ट ने इसके खिलाफ गैर जमानती वारंट जारी था।
स्पेशल सेल के डीसीपी संजीव कुमार यादव के अनुसार फैयाज अहमद लोन, शाहिद गफ्फूर, बसीर अहमद पोनू और अब्दुल मजीद बाबा को स्पेशल सेल ने 4 फरवरी 2007 को दीन दयाल उपाध्याय मार्ग, आईटीओ पर एनकाउंटर के बाद गिरफ्तार किया था। इनके पास से तीन किलो विस्फोटक, चार डेटोनेटर, एक टाइमर, छह हैंड ग्रेनेड, एक पिस्टल, एक मैगजीन, दो कारतूस, 50 हजार रु पये और 10 हजार यूएस डॉलर बरामद किया गया था। पुलिस की पूछताछ में इनके जैश ए मोहम्मद से संबंध होने का खुलासा हुआ था। आरोपी संगठन के सोपोर  डिस्ट्रिक्ट कमांडर हैदर के इशारे पर दिल्ली में बड़ी वारदात को अंजाम देने वाले थे। शाहिद गफूर ने खुलासा किया था कि वह दो बार पाकिस्तान से भारत अवैध तरीके से आ चुका था। वह जम्मू-कश्मीर में राष्ट्रीय राइफल्स के कैंप पर हमले में भी शामिल रहा। अदालत ने  7 अगस्त 2013 को उसे दोषी करार दिया था।
2014 में जारी हुआ था गैर जमानती वारंट : कोर्ट ने शाहिद का छोड़ बाकी तीनों आतंकियों को सबूतों के अभाव में रिहा कर दिया था। लेकिन लॉ एजेसिंयों और सरकार द्वारा अदालत में दोबारा अपील की गई और कोर्ट ने इनके खिलाफ पेश सबूतों को सही पाया। इसके बाद तीनों को भी दोषी ठहराया था। लेकिन वे कोर्ट के समक्ष पेश नहीं हुए। 2014 में इनके खिलाफ गैर जमानती वारंट जारी हुआ था।

दिल्ली पुलिस की बड़ी कामयाबी : फैयाज की गिरफ्तारी को स्पेशल सेल बड़ी कामयाबी मान रही है। फैयाज जिला कुपवाड़ा, जम्मू-कश्मीर का रहने वाला है। स्कूली शिक्षा के बाद उसने साल 2000 में इलेक्ट्रॉनिक शॉप खोलने के लिये बैंक से लोन लिया था। लेकिन कुछ दिन बाद दुकान बंद कर  इलाहाबाद में शॉल का बिजनेस शुरू कर दिया। 2005 में वह अल्ताफ अहमद किरमानी के संपर्क में आया। किरमानी जैश आतंकी था। जल्द पैसा कमाने का लालच देकर उसने फैयाज को जैश में भर्ती करवाया। फैयाज ने लोकल कमांडर हैदर के नेतृत्व में काम करना शुरू किया था। फरारी के दौरान भी पुलिस को इसके पाकिस्तानी आतंकियों से संपर्क के सबूत मिले हैं।