गिलानी के बड़े पुत्र नईम पेशे से सर्जन हैं और छोटे बेटे नसीम जम्मू कश्मीर सरकार के कर्मचारी हैं.

नईम अपने पिता के बाद पाकिस्तान समर्थक कट्टरपंथी समूहों का अलगावादी संगठन तहरीक ए हुरियत के स्वाभाविक उत्तराधिकारी माने जाते हैं.

सूत्रों ने बताया कि आतंकवाद वित्तपोषण मामले में दिल्ली में दोनों भाइयों से पूछताछ हुयी. मामले में पाकिस्तान स्थित जमात उद दावा और प्रतिबंधित आतंकवादी संगठन लश्करे तैयबा के नेता सईद का नाम आरोपी के तौर पर दर्ज है.

एनआईए ने 30 मई को मामला दर्ज करते हुए आतंकवादी संगठनों के साथ अलगावादी नेताओं की मिलीभगत का आरोप लगाया था.

राज्य में अलगावादी और आतंकवादी गतिविधियों के वित्तपोषण के लिए हवाला चैनलों सहित विभिन्न अवैध जरिए से कोष जुटाने, प्राप्त करने के आरोप में मामला दर्ज किया गया.  स्कूल जलाने, सुरक्षा बलों पर पथराव करने, सार्वजनिक संपत्ति को नुकसान पहुंचाने और भारत के खिलाफ जंग छेड़कर घाटी में तबाही मचाने का भी मामला है.

जांच एजेंसी ने राज्य के साथ ही हरियाणा और राष्ट्रीय राजधानी में कई जगहों पर तलाशी की. करोड़ों रूपये के इलेक्ट्रॉनिक उपकरण और कीमती वस्तुएं जब्त की गयी.