अधिकांश अनधिकृत मदरसे यूपी-नेपाल की सीमा पर स्थित हैं। इसके अलावा कुछ मदरसे महाराजगंज, श्रीवस्ती और बहराइज जिले में भी स्थित है।

विशेष जांच दल (एसआईटी) ने इन सभी मदरसों से अपनी वित्तीय स्थिति के बारे में जानकारी देने को कहा, लेकिन इनमें से अधिकांश मदरसों के संचालक यह जानकारी नहीं दे पाए। इससे इनकी अवैध गतिविधियों के बारे में शक गहरा रहा है।

पुलिस सूत्रों के मुताबिक, मदरसों के संचालकों ने दावा किया है कि अधिकांश मदरसों का निर्माण चंदे से हुआ है, लकिन यह अपने चंदे के स्रोत के बारे में जानकारी नहीं दे पा रहे हैं।

कुल 23,000 मदरसों की जांच में 5,000 की अस्थायी मान्यता प्राप्त मदरसों की पहचान की गई है और कुछ मान्यता मानकों को पूरा करने में विफल रहे हैं।

हाल ही में पुलिस ने दावा किया था कि सीमा क्षेत्र में स्थित 80 मदरसों को विदेश से 100 करोड़ रुपए की धनराशि प्राप्त हुई है, जिसकी जांच की जा रही है।