उन्होंने सुबह करीब पांच बजे दिल्ली के आईएलबीएस अस्पताल में अंतिम सांस ली। शक्तावत का बीमार होने पर एक महीने से भी ज्यादा समय से दिल्ली में उपचार चल रहा था। उन्हें लीवर में समस्या आने पर आईएलबीएस अस्पताल में भर्ती कराया गया था। उनकी कोरोना जांच रिपोर्ट भी एक बार सकारात्मक पाई गई थी लेकिन बाद में वह कोरोना मुक्त हो गये थे।

उनके निधन पर मुख्यमंत्री अशोक गहलोत ने गहरा दुख व्यक्त किया हैं। गहलोत ने अपनी संवेदना में कहा  ‘‘कांग्रेस विधायक गजेंद्र शक्तावत के असामयिक निधन पर मेरी  गहरी संवेदनाएं। काफी समय से वह बीमार थे, उनके स्वास्थ्य को लेकर पिछले 15  दिन से मैं परिवारजन और डॉक्टर शिव सरीन के संपर्क में था। ईश्वर से प्रार्थना है शोकाकुल परिजनों को इस बेहद कठिन समय में सम्बल दें एवं दिवंगत आत्मा को शांति प्रदान करें।’’

विधानसभा अध्यक्ष डॉ सी पी जोशी ने भी शक्तावत के निधन पर गहरा शोक जताया और कहा कि शक्तावत के असामयिक निधन से उन्हें दुख पहुंचा हैं। उन्होंने ईश्वर से दिवंगत आत्मा को शांति एवं उनके परिजनों को हिम्मत देने की प्रार्थना की।

भारतीय जनता पार्टी (भाजपा) की राष्ट्रीय उपाध्यक्ष एवं पूर्व मुख्यमंत्री वसुंधरा राजे ने भी उनके निधन पर संवेदना जताते हुए कहा कि कांग्रेस विधायक एवं वरिष्ठ नेता गजेंद्र सिंह शक्तावत के  असामयिक निधन का समाचार सुनकर उन्हें बहुत दु:ख हुआ। वंचितों की आवाज उठाने एवं  जनहित के कायरें को गति देने में उनका योगदान अविस्मरणीय है। ईर दिवंगत  आत्मा को शांति तथा परिजनों को धैर्य प्रदान करें।
     
नेता प्रतिपक्ष गुलाबचंद कटारिया ने भी उनके निधन पर गहरा दुख जताते हुए कहा कि श्री शक्तावत के छोटी उम्र में जाना जिले की राजनीति में बहुत बड़ा नुक्सान हुआ हैं। परमात्मा उनकी आत्मा को शांति प्रदान करे परिवारजन को यह असहनीय दु:ख सहने की क्षमता प्रदान करे।

इसी तरह प्रदेश कांग्रेस अध्यक्ष गोविंद सिंह डोटासरा, पूर्व उपमुख्यमंत्री सचिन पायलट, भाजपा के प्रदेश अध्यक्ष डॉ सतीश पूनियां एवं उपनेता प्रतिपक्ष राजेन्द्र सिंह राठौड़ सहित अन्य कई नेताओं ने उनके निधन पर गहरा दुख व्यक्त किया।