मुखर्जी 1999 से 2004 तक अटल बिहारी वाजपेयी के नेतृत्व वाली सरकार में रसायन और उर्वरक और वाणिज्य और उद्योग राज्य मंत्री थे।

मुखर्जी, जिन्होंने पश्चिम बंगाल में भाजपा के पूर्व प्रदेश अध्यक्ष के रूप में भी काम किया, सर्वोच्च न्यायालय और कलकत्ता उच्च न्यायालय के साथ एक उच्च-प्रोफाइल अभ्यास वकील थे।

वह 1999 से 2004 तक पश्चिम बंगाल के नदिया जिले में कृष्णानगर लोकसभा क्षेत्र से भाजपा के लोकसभा सदस्य चुने गए थे। हालांकि, 2004 में उन्हें उसी निर्वाचन क्षेत्र से माकपा उम्मीदवार और एथलीट से नेता बने ज्योतिर्मयी सिकदर से हार मिली थी।

मुखर्जी कानूनी और राजनीतिक दोनों हलकों में जोलूबाबू के रूप में लोकप्रिय थे। 2008 में, वह पार्टी के पश्चिम बंगाल प्रमुख बने। हालांकि, अगले ही साल उनकी जगह राहुल सिन्हा ने ले ली।

उनका जन्म 8 मई, 1932 को सिलहट में हुआ था, जो अब बांग्लादेश में है। उन्होंने बहुत कम उम्र में एक कॉर्पोरेट वकील के रूप में अपनी पहचान अर्जित की और चार साल पहले भी अपने पेशे में सक्रिय थे।

वह अपने सौहार्दपूर्ण स्वभाव और परोपकारी गतिविधियों के लिए अन्य राजनीतिक दलों के नेताओं के बीच लोकप्रिय थे।