बोर्ड के अध्यक्ष डॉ. इफ्तिखार अहमद जावेद ने कहा, "राज्य शिक्षा विभाग के अधिकारी अल्पसंख्यक कल्याण विभाग द्वारा संचालित मदरसों का निरीक्षण करने के लिए सक्षम प्राधिकारी नहीं हैं।"

1995 में अल्पसंख्यक कल्याण विभाग के गठन के बाद, मदरसों के सभी काम, जो तब तक शिक्षा विभाग द्वारा प्रबंधित थे, अल्पसंख्यक कल्याण विभाग को स्थानांतरित कर दिया गया था।

बाद में, उत्तर प्रदेश मदरसा शिक्षा परिषद अधिनियम, 2004 बनाया गया, जिसके माध्यम से उत्तर प्रदेश गैर-सरकारी अरबी और फारसी मदरसा मान्यता, प्रशासन और सेवा विनियम 2016 बनाए गए। तब से, जिला मदरसा शिक्षा अधिकारी जिला अल्पसंख्यक कल्याण अधिकारी बन गया।

उत्तर प्रदेश मदरसा शिक्षा बोर्ड अधिनियम 2004 एवं विनियम 2016 में की गई व्यवस्था के अनुसार अल्पसंख्यक कल्याण विभाग के अलावा किसी अन्य विभाग के किसी भी अधिकारी द्वारा किसी मदरसे का न तो निरीक्षण किया जाएगा और न ही नोटिस दिया जाएगा।