हालांकि, राज्यपाल आरिफ ने एक महत्वपूर्ण विधेयक पर हस्ताक्षर नहीं किया, जिसके लिए मुख्यमंत्री पिनाराई विजयन द्वारा विशेष विधानसभा सत्र बुलाया गया था, जिसमें राज्य के सभी विश्वविद्यालयों के कुलाधिपति के रूप में राज्यपाल को हटाने की मांग की गई थी।

खान ने पहले ही स्पष्ट कर दिया था कि वह ऐसे मुद्दे पर फैसला नहीं करेंगे जो उनसे संबंधित है और अब पूरी संभावना है कि यह 'विवादास्पद' विधेयक राष्ट्रपति को भेजा जाएगा। उन्होंने कहा था कि, इसकी सामग्री ऐसे मुद्दे से संबंधित है जहां केंद्र की भूमिका जरुरी है।

कन्नूर विश्वविद्यालय में एक शिक्षण पद पर विजयन के निजी सचिव की पत्नी की नियुक्ति पर हुए बवाल के बाद से खान और विजयन के बीच कटु संबंध हैं।