26 मार्च 2003 को अहमदाबाद में पांड्या की गोली मारकर हत्या कर दी गई थी। सीबीआई के अनुसार, राज्य में 2002 के सांप्रदायिक दंगों का बदला लेने के लिए पांड्या की हत्या कर दी गई थी।

न्यायाधीश अरुण मिश्रा की अगुवाई वाली पीठ ने मामले में गुजरात ट्रायल कोर्ट के फैसले को बरकरार रखा और गुजरात उच्च न्यायालय के 2011 के उस आदेश को दरकिनार कर दिया जिसने हत्या के 12 आरोपियों को बरी कर दिया था।

सीबीआई ने गुजरात उच्च न्यायालय के फैसले के खिलाफ अपील की थी। सर्वोच्च न्यायालय ने जनवरी में अपील पर अपना फैसला सुरक्षित रख लिया था।

शीर्ष अदालत ने सेंटर फॉर पब्लिक इंटरेस्ट लिटिगेशन (सीपीआईएल) द्वारा दायर एक याचिका को खारिज कर दिया जिसने मामले की नए सिरे से जांच कराने की मांग की थी और एनजीओ पर 50,000 रुपये का जुर्माना लगाया।

सोहराबुद्दीन शेख फर्जी मुठभेड़ मामले के एक गवाह आजम खान की गवाही का हवाला देते हुए, जिसमें भाजपा अध्यक्ष अमित शाह को सभी आरोपों से मुक्त होने से पहले गिरफ्तार किया गया था, सीपीआईएल ने कहा कि मामले की नई सिरे जांच जरूरी है।

याचिका में कहा गया है कि खान ने 3 नवंबर, 2018 को ट्रायल कोर्ट के सामने अपने मुकदमे के दौरान दावा किया था कि "सोहराबुद्दीन ने उन्हें बताया था कि हरेन पंड्या को मारने की सुपारी उन्हें गुजरात कैडर के आईपीएस अधिकारी डीजी वंजारा ने दी थी और सोहराबुद्दीन के सहयोगी तुलसीराम प्रजापति के साथ नईम और शाहिद रामपुरी ने उस सुपारी पर अमल करते हुए हरेन पंड्या की हत्या कर दी थी।"

मामले में असगर अली, मोहम्मद रऊफ, मोहम्मद परवेज अब्दुल कयूम शेख, परवेज खान पठान उर्फ अतहर परवेज, मोहम्मद फारूक उर्फहाजी फारूक, शाहनवाज गांधी, कलीम अहमदा उर्फ कलीमुल्लाह, रेहान पुथवाला, मोहम्मद रियाज सरेसवाला, अनीज माचिसवाला, मोहम्मद यूनुस सरेसवाला और मोहम्मद सैफुद्दीन मुकदमे का सामना कर रहे थे।