जस्टिस डी.वाई. चंद्रचूड़ और एम.आर. शाह ने नियम 89(5) की वैधता को बरकरार रखा। पीठ ने 2020 के गुजरात उच्च न्यायालय के फैसले को उलट दिया, जिसमें कहा गया था कि नियम 89(5) सीजीएसटी अधिनियम, 2017 की धारा 54 (3) के अल्ट्रा वायर्स थे। नियम 89(5) सीजीएसटी नियमों में उल्टे शुल्क संरचना के कारण आईटीसी के रिफंड की गणना का प्रावधान है। संभावित प्रभाव से 18 अप्रैल, 2018 को नियम में संशोधन किया गया था, ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि अप्रयुक्त आईटीसी की वापसी केवल इनपुट माल पर ही प्राप्त की जा सकती है।

पीठ ने कहा, "जब न तो संवैधानिक गारंटी है और न ही वापसी के लिए वैधानिक अधिकार है, तो यह अनुरोध स्वीकार नहीं किया जा सकता कि अप्रयुक्त आईटीसी की वापसी के मामले में वस्तुओं और सेवाओं को समान रूप से माना जाना चाहिए।"

इसमें कहा गया है कि इस तरह की व्याख्या, अगर अपने तार्किक निष्कर्ष पर पहुंचती है, तो अप्रत्याशित परिणाम आएंगे।

पीठ ने कहा कि कराधान के क्षेत्र में शीर्ष अदालत ने केवल एक सूत्र को पढ़ने या व्याख्या करने के लिए हस्तक्षेप किया है।

शीर्ष अदालत ने अपने 140-पृष्ठ के फैसले में कहा, "मौजूदा मामले में, हालांकि सूत्र प्रकृति में अस्पष्ट या अव्यवाहारिक नहीं है, न ही यह अप्रयुक्त आईटीसी के संचय पर सीमित धनवापसी देने के विधायिका के इरादे के खिलाफ है।

पीठ ने नोट किया कि नियम 89(5) में सूत्र का उद्देश्य धारा 54(3)(2) को प्रभावी करना है जो रिफंड के अनुदान के लिए इनपुट सामान और इनपुट सेवाओं के बीच अंतर करता है।

कहा गया, एक बार सीजीएसटी अधिनियम की धारा 54 (3)(2) के पीछे के सिद्धांत को बरकरार रखा गया है, तो फॉर्मूला को केवल उसी को प्रभावी करने के लिए नहीं हटाया जा सकता।

शीर्ष अदालत ने कहा, "हालांकि, निर्धारितियों द्वारा बताई गई विसंगतियों को देखते हुए हम जीएसटी परिषद से फॉर्मूले पर पुनर्विचार करने और उसी के बारे में नीतिगत निर्णय लेने का दृढ़ता से आग्रह करते हैं।

यह देखा गया कि सूत्र अनुमान लगाता है कि आपूर्ति पर देय आउटपुट कर इनपुट वस्तुओं के कारण जमा आईटीसी से पूरी तरह से मुक्त हो गया है और इनपुट सेवाओं पर आईटीसी का कोई उपयोग नहीं हुआ है।