एनआईए ने मामले की जांच को महाराष्ट्र आतंकवाद रोधी दस्ते (एटीएस) से अपने हाथ में ले लिया है। एटीएस ने इस संबंध में पांच आरोपियों को गिरफ्तार किया था।

एनआईए ने मामले की जांच अपने हाथ में लेने के बाद पांचों आरोपियों-- मोहम्मद इमरान मोहम्मद यूनुस खान, मोहम्मद यूनुस मोहम्मद याकूब साकी, कादिर दस्तगीर पठान, सिमा नसरुद्दीन काजी और जुल्फिकार अली बड़ौदावाला--को यहां एनआईए की विशेष अदालत में पेश किया।

एजेंसी ने मामले की आगे की जांच और आरोपियों की भूमिका का पता लगाने के लिए उन्हें हिरासत में लेकर पूछताछ करने की जरूरत का हवाला देते हुए उन्हें नौ दिनों के लिए हिरासत में देने की मांग की थी।

एनआईए की विशेष अदालत के न्यायाधीश ए. एम. पाटिल ने पांचों आरोपियों को 14 अगस्त तक एनआईए की हिरासत में भेज दिया।