उनको संसद के मौजूदा सत्र के दौरान संसदीय दल की बैठक में शामिल होने से रोक दिया गया और रक्षा मामलों की परामर्श समिति से भी हटा दिया गया।

इससे पहले भाजपा के कार्यकारी अध्यक्ष जेपी नड्डा ने संवाददाताओं से कहा कि भाजपा लोकसभा सांसद प्रज्ञा ठाकुर की टिप्पणी की निंदा करती है, पार्टी ऐसे बयानों का कभी समर्थन नहीं करती। नड्डा ने इस विषय पर लोकसभा में बुधवार को की गयी प्रज्ञा ठाकुर की विवादास्पद टिप्पणी के बाद उत्पन्न राजनीति विवाद को शांत करने का प्रयास करते हुए पार्टी सांसद के खिलाफ अनुशासनात्मक कार्रवाई की घोषणा की। उन्होंने कहा, हमने निर्णय किया है कि ठाकुर संसद सत्र के दौरान भाजपा संसदीय दल की बैठक में हिस्सा नहीं ले सकेंगी।

प्रज्ञा ठाकुर को रक्षा मामलों की परामर्श समिति से भी हटाया जाएगा जिसमें उन्हें हाल ही में नियुक्त किया गया था। संसदीय कार्य मंत्री प्रह्लाद जोशी ने भी कहा, हमारा मत इस विषय पर स्पष्ट है और हम उनके बयान की निंदा करते है और ऐसी विचारधारा का समर्थन नहीं करते।

प्रज्ञा ने कहा, उधम सिंह के अपमान के खिलाफ थी टिप्पणी : प्रज्ञा ठाकुर ने कहा कि लोकसभा में उनकी विवादित टिप्पणी क्रांतिकारी उधम सिंह के अपमान के खिलाफ की गई थी। उन्होंने कहा, कभी-कभी झूठ का बवंडर इतना गहरा होता है कि दिन में भी रात लगने लगती है। उन्होंने अपनी टिप्पणियों के बचाव में ट्वीट किया। ठाकुर ने ट्वीट किया, कभी-कभी झूठ का बवंडर इतना गहरा होता है कि दिन में भी रात लगने लगती है  किंतु सूर्य अपना प्रकाश नहीं खोता।