उन्होंने परिवहन मंत्री जैन पर दुर्व्यवहार करने का आरोप लगाते हुए कहा है कि मंत्री ने उन्हें बदतमीज कहा और बैठक से निकाल दिया. इस मामले के बाद किसी अन्य कार्रवाई की आशंका से 1993 बैच के दानिक्स अधिकारी ने एलजी और मुख्यमंत्री को पत्र लिखकर शिकायत दर्ज कराई और 15 दिनों के अवकाश पर चले गए.

एलजी और मुख्यमंत्री को दिए शिकायत पत्र में विशेष परिवहन आयुक्त ने कहा कि 22 जुलाई को वे शेख सराय परिवहन कार्यालय के निरीक्षण के लिए दोपहर में निकले और 4 बजे उन्हें मंत्री कार्यालय से फोन कर मीटिंग के लिए 4.30 बजे बुलाया गया. इतने कम समय में दक्षिण दिल्ली से वापस बैठक में शामिल होने आना संभव नहीं था, इसलिए उन्होंने बैठक के लिए अगले दिन का समय मांगा.

उन्होंने कहा कि मंत्री कार्यालय ने उन्हें 25 जुलाई को सुबह 10.30 बजे बैठक के लिए बुलाया. 25 जुलाई को परिवहन मंत्री ने कक्ष में पहुंचते ही मिश्रा से पिछली बैठक में न आने का कारण पूछा. जैसे ही अधिकारी ने अपना पक्ष रखना शुरू किया, मंत्री क्रोधित हो गए और उनसे कहा कि तुम बदतमीजी कर रहे हो, निकल जाओ मेरे कमरे से, बदतमीज कहीं का, नौकरी करना सिखा दूंगा.

मंत्री द्वारा कमरे से निकाले जाने के बाद उसी दिन शाम को विशेष परिवहन आयुक्त को परिवहन विभाग के इनफोर्समेंट का जिम्मा दिया गया.

एलजी और सीएम को लिखे पत्र में इंदुशेखर मिश्रा ने कहा है कि इनफोर्समेंट विभाग की किसी गड़बड़ी का उन्हें जिम्मेदार ठहराए जाने की आशंका है. यानि उन्हें किसी मामले में बिना गलती किए फंसाए जाने का डर है. \'मंत्री जी के व्यवहार से मैं डिप्रेस हो गया हूं. बिना गलती के मंत्री मुझसे बदले की भावना से काम कर रहे हैं.\'

उन्होंने शिकायत पत्र एलजी और सीएम को भेज दिया है.