इसके बाद उसने अपनी गतिविधियों का ब्योरा उगल दिया था। यह बात पुलिस के एक पूर्व अधिकारी ने बताई, जिन्होंने 1994 में उसकी गिरफ्तारी के बाद उससे पूछताछ की थी।
अजहर पुर्तगाल के पासपोर्ट पर बांग्लादेश के रास्ते भारत में घुसा था और फिर कश्मीर पहुंचा था। उसे दक्षिण कश्मीर के अनंतनाग में फरवरी 1994 में गिरफ्तार किया गया था। सिक्किम के पूर्व पुलिस महानिदेशक अविनाम मोहनाने ने बताया कि इंटेलिजेंस ब्यूरो में दो दशक के कार्यकाल में उन्होंने अजहर से कई बार पूछताछ की थी।

इंडियन एयरलाइंस के विमान आईसी-814 के यात्रियों के अपहरण के बदले तत्कालीन भाजपा सरकार द्वारा 1999 में रिहा किए जाने के बाद अजहर ने जैश ए मोहम्मद का गठन किया और भारत में कई भीषण हमलों का षड्यंत्र रचा। मोहनाने ने बताया कि हिरासत में अजहर ने पाकिस्तान में आतंकवादियों की भर्ती प्रक्रिया और आतंकवादी समूहों के कामकाज के बारे में जानकारी दी थी।

उन्होंने बताया, कई मौके आए जब मैंने उससे कोट बलवाल जेल में मुलाकात की और कई घंटे तक उससे पूछताछ की। उन्होंने कहा कि उसने अफगानी आतंकवादियों के कश्मीर घाटी में भेजे जाने की जानकारी दी।

मोहनाने ने बताया कि बांग्लादेश से 1994 में भारत पहुंचने के बाद अजहर कश्मीर जाने से पहले सहारनपुर गया था जहां उसने साझा नीति बनाने के लिए एचयूएम और हूजी के अलग-अलग धड़ों के साथ बैठक की थी। पुलिस अधिकारी ने बताया कि अजहर ने उनसे कहा था,‘मैं पुर्तगाल के फर्जी पासपोर्ट पर यहां आया ताकि सुनिश्चित कर सकूं कि एचयूएम और हूजी घाटी में एक साथ आएं। नियंत्रण रेखा पार कर पाना संभव नहीं था।

उन्होंने कहा कि कराची से प्रकाशित टैबलॉयड ‘सदा ए मुजाहिद’ में पत्रकार के तौर पर जैश प्रमुख ने पाकिस्तान के कुछ पत्रकारों के साथ 1993 में कुछ देशों की यात्रा की थी जहां उसने ‘कश्मीर हित’ के लिए समर्थन मांगा था। मोहनाने ने बताया कि अजहर हमेशा दावा करता था कि पुलिस उसे ज्यादा दिन तक हिरासत में नहीं रख पाएगी क्योंकि वह पाकिस्तान और आईएसआई के लिए महत्वपूर्ण है।

फरवरी 1994 में उसकी गिरफ्तारी के 10 महीने बाद दिल्ली से कुछ विदेशी नागरिकों का अपहरण हो गया और अपहर्ताओं ने उसे रिहा करने की मांग की। उमर शेख की गिरफ्तारी से यह योजना विफल हो गई जिसे 1999 में विमान अपहरण के बदले रिहा किया गया था।