सीबीआई ने जैन के खिलाफ अगस्त 2017 में इस संबंध में मामला दर्ज किया था। केंद्रीय गृह मंत्रालय ने कहा है कि आप सरकार ने अनधिकृत कालोनियों को नियमित करने का एजेंडा जनता को दिया, जिसका सीधा लाभ जैन द्वारा अनधिकृत कालोनियों के पास खरीदी गई दो सौ बीघे जमीन को मिलना तय था। ये दौ सौ बीघे जमीन की खरीद कराला, औचंदी, निजामपुर,बुधन, राजधानी के उत्तरी व उत्तर पश्चिमी जिले में किए गए।

जब आयकर विभाग ने सत्येन्द्र जैन के मामलों की जांच तेज कर दी तो उन्होने शेल कंपनी से प्राप्त किए 16.39 करोड़ रुपए को इनकम डिस्कोजर स्कीम के तहत सरेंडर कर दिया। वैभव जैन व अंकुश जैन के नाम का उपयोग कर इन दोनों नामों से 16.39 करोड़ रुपए सरेंडर किया गया। कोलकाता के हवाला इंट्री आपरेटर ने आयकर विभाग के अधिकारियों को जानकरी दी कि सत्येन्द्र जैन के कहने से ही 16.39 करोड़ रूपए का हवाला ट्रांजैक्शन किया गया था।