सूत्रों ने दावा किया कि महत्वपूर्ण दस्तावेज के गायब होने के संबंध में गृह मंत्रालय ने दिल्ली पुलिस को जानकारी दी, जिसके बाद संसद मार्ग थाना पुलिस ने मामला  दर्ज करके जांच शुरू कर दी है. फिलहाल यह मामला नई दिल्ली जिला पुलिस जांच कर रहीं है लेकिन आने वाले समय में मामले की गंभीरता को देखते हुए यह केस क्राइम ब्रांच या स्पेशल सेल को स्थानान्तिरत किया जा सकता है.

पुलिस सूत्रों ने बताया कि इशरतजहां के कथित मुठभेड़ मामले से जुड़े दस्तावेज गृह मंत्रालय के नार्थ ब्लाक स्थित कार्यालय से गायब हो गए थे. भारत सरकार में अवर सचिव वी.के. उपाध्याय ने संसद मार्ग पुलिस थाने में 22 सितम्बर को भारतीय दंड संहिता की धारा 409 (विश्वास भंग) के तहत यह प्राथमिकी दर्ज करायी थी.

प्रारंभ में केन्द्रीय जांच ब्यूरो द्वारा इस मामले की जांच की जानी थी लेकिन बाद में गृह मंत्रालय ने दिल्ली पुलिस से इसकी जांच कराने का फैसला किया.

सूत्रों ने बताया कि पूर्व केन्द्रीय गृहमंत्री पी. चिदम्बरम के कार्यकाल के दौरान मामले से जुड़े दो शपथपत्रों समेत पांच दस्तावेज कथित रूप से गायब हो गए हैं, इनमें वह पत्र भी शामिल है जो तत्कालीन गृहसचिव जी.के. पिल्लै ने तत्कालीन एटार्नी जनरल जी.ई वाहनवती को लिखे थे. गृह मंत्रालय के नार्थ ब्लॉक में कार्यरत अवर सचिव बी के उपाध्याय ने इस बाबत संसद मार्ग पुलिस थाने में प्राथमिकी दर्ज करवाई थी. 

इस कदम से पहले अतिरिक्त सचिव की अध्यक्षता वाली जांच समिति ने अपना निष्कर्ष दिया था कि सितंबर 2009 में दस्तावेजों को जानबूझकर या अनजाने में हटा दिया गया अथवा वे गायब हो गये. उस अवधि में पी. चिदंबरम गृह मंत्री थे. जांच समिति ने कहा कि इन पांच में से केवल एक दस्तावेज ही मिल पाया है.

समिति ने अपनी तीन माह चली जांच के बाद 15 जून को रिपोर्ट सौंपी थी. हालांकि जांच समिति ने चिदंबरम या तत्कालीन संप्रग सरकार में किसी भी व्यक्ति के बारे में कुछ नहीं कहा है.